皺着眉頭想了半天，朱厚熜也沒有下定決心，就反問道：“肅卿，那依你之見，總參謀部該歸於哪個衙門掌管？”
說真的，高拱也感到此事非常棘手，一直不敢具本上奏朝廷也正是因爲如此.但皇上既有所問，他也不敢隱瞞自己的觀點：“回皇上，這段時日臣一直在思考皇上所說的總參謀部的職權，若以其負責調動、指揮及統管全軍操練校閱諸事而論，與兵部職方司倒有幾分相近……”
朱厚熜明白，高拱提出這樣的建議，自然是出於以文統武的習慣性思維，但確實也是大明軍制的實情。
明朝的兵部雖只是六部之一，而且，按吏禮戶兵刑工的排序，兵部在六部之中排名還在下半區。但是，其職權範圍之大，絕非後世國防部可以比擬，甚至可以說是幾乎相當於朱厚熜原來的那個時空的中央軍委。其下所設的武選清吏司、職方清吏司、車駕清吏司、武庫清吏司四司，簡直就相當於中國人民解放軍的四大總部。對於四司的優劣，官場中人有段順口溜形容得最爲貼切傳神：“武選武選，多恩多怨；武庫武庫，又閒又福；車駕車駕，不上不下；職方職方，又窮又忙。”
在這四司之中，武選司負責全國武職官員遴選、簡任和考功，與吏部文選司一樣，權力最重也最爲關鍵，相當於總政治部幹部部。武官職位與文官一樣，縱然同樣品秩的武職也有個輕重肥瘦之分，同樣是正二品的總兵官，手握十萬大軍的九鎮總兵自然要比那隻管着兩三個衛所的中州某省總兵顯赫的多，建功立業的機會也多。而誰任要缺誰任閒差，雖需兵部與五軍都督府會商酌定，報內閣審議並轉呈御覽由皇上裁奪決斷，卻需要武選司根據平日考功記錄拿出初步意見——沒有武選司優等的考評，憑什麼那些貪圖享受的武將能從邊遠省份調到中州繁華之地；那些期待建功立業封公封侯的武將又怎麼從內地調到邊防九鎮？所以，別說是一般武職，即便是二品的都指揮使、三品的京衛指揮使，甚至是那些封公封侯的九邊重鎮總兵，見了兵部武選司的郎中、員外郎甚至主事也要先行拱手，客客氣氣地稱一聲“大人”，平日打點、節慶孝敬，一點都不敢馬虎。不過，要缺肥缺必定有限，許了張三便得罪了李四，如此一來，自然是多恩多怨。
武庫司負責武器裝備管理、調撥和分發，相當於總後勤部。武庫司雖無製造之責，卻有考究檢驗各州府繳納軍械質量之權，一點伺候不周，便說所繳軍械不合格要拒收。打回重製不但勞神費力，更影響地方官吏的政績考功。因此，每逢交納，各州府押送人等無不從武庫司的郎中、員外郎到主事甚至屬吏，上下打點，指望能安然過關。此外，武庫司還掌管着全軍的裝備分發，各邊鎮、各衛所申領軍械要他們說了纔算，不奉上數額不菲的孝敬，即便皇上下旨、兵部堂官發話，武庫司也必定能找到各種各樣的理由搪塞過去，或者以次充好，隨便給上幾件已經鏽得不成樣子的刀槍就把人打發回去。軍械好壞直接關係到戰爭勝負、將士生死，誰敢吝嗇那幾兩銀子？所以武庫司上上下下油水最爲豐厚，兵部也有“三年閒武庫，十萬雪花銀”的說法。
車駕司負責火器、攻城車等重型裝備的製造，相當於總裝備部。由於其職能與工部兵仗、軍器兩局重疊，兵工兩部之間推委扯皮，皆是由車駕司引起，是一等難纏之事，兩部堂官經常把官司打到內閣甚至御前，得罪人不說，還動輒獲罪得咎，成了堂官們爭鬥的替罪羊。不過，車駕司因有大筆的研發經費在手，白花花的銀子水潑似的從手邊過，縱是百般自守清廉，多多少少也能分得一杯羹，所以是兵部除了武庫司之外的一大肥缺，也算是有所失必有所得。因此，車駕司纔有“不上不下”的說法。
職方司負責全軍調動、訓練、校閱及軍隊編成、調動等重要事宜，相當於總參謀部。由於職方司要經常巡視邊鎮和各地衛所，經年累月頂風冒雪奔波勞頓，才能換得那少得可憐的幾兩儀程的辛苦錢，哪裏比得上武選、武庫和車駕三司官員坐在安逸舒適的衙門裏喝着茶扯着閒篇收銀子那麼爽？此外，邊境一旦有事，職方司還要審閱九邊重鎮火速上呈的作戰方略，確定打不打、如何打，肩上的責任十分重大。但是，打勝了是兵部堂官和九邊督撫、將帥的功勞，人家升官發財、封妻廕子，他們頂多能討口湯喝；打敗了卻要承擔責任，罷官充軍、抄家滅族都有可能。說起來，職方司職責之重、權力之大，在兵部四司之中，大概也只有武選司可以與之相提並論，從郎中到主事終日忙得不亦樂乎，卻實實在在是“又窮又忙”。
又反覆斟酌了一會兒，朱厚熜才下定了決心，還是嚮明朝以文統武的朝廷規制、祖宗家法和傳統觀念妥協，點頭道：“你想的不錯，職方司職責範圍確實與朕心中構想的總參謀部職能大致相當，可見你是經過了深思熟慮的。那麼，依你之見，若是總參謀部歸由兵部掌管，總參謀長一職由誰出任較爲適宜？”
御前辦公廳職能與內閣相近，也是皇上的顧問機構，尤其是收回了司禮監批紅大權之後，兩位辦公廳協辦高拱和嚴世蕃，甚至包括那些還只是未曾實授官職的翰林院庶吉士的辦公廳祕書們，更成了皇上的機要祕書。朱厚熜經常就各項軍國政務徵詢他們的意見，還明確要求他們暢所欲言。因此，高拱也並不矯情地以自己不敢在朝廷人事安排上隨意置喙爲理由遜謝，回答道：“回皇上，臣以爲營團軍監軍楊博可堪當此大任。”
這個建議也甚爲適當。楊博在就任營團軍監軍之前，便是兵部職方司正五品郎中，國朝青年文官之中，論軍事素養，大概沒有人能與他相提並論；加之高拱奉旨南下主持閩粵兩省廢弛海禁開辦海市之後，他接任營團軍監軍，在平定江南叛亂之戰中與戚繼光密切配合，力劈徐州堅城，打開了全軍南下的通道，其後又揮軍強渡長江，爲王師不戰而下南京立下了汗馬功勞，顯示出了卓越的指揮才能和協調能力，由他出任明軍總參謀長確實最爲合適。
朱厚熜沉吟着說：“楊博的確是總參謀長的上佳人選。他是嘉靖八年的進士，曾在兵部任職近十年，歷任職方司主事、員外郎和郎中，在平叛之役中又有大功，升侍郎資歷也夠了。若是李閣老、曾部堂沒有異議，這事大致就這麼定了。”
略微停頓了一下，朱厚熜又說：“設置總參謀部一事關於我大明整軍備武之大計，非同小可，你該與李閣老、曾部堂並有司官員仔細商議酌定，拿出詳細的章程出來，再徵詢張老國公、朱老國公等軍中碩勳的意見，而後由朕看過頒旨允行。朕的意思，既是總參謀部，不再是那又窮又忙的職方司，品秩便要與兵工總署、軍需供應總署相等，總參謀長也掛正三品兵部侍郎銜，以兵部堂官的名義發佈命令，那些九邊督撫、總兵纔不會等閒視之。”
朱厚熜這麼做可不僅僅只是爲了抬高總參謀部的地位，構建起明軍四總部的架構，還有一層不好明說的原因，就是爲了補償楊博——平叛王師一路高歌猛進，勢如破竹，以摧枯拉朽之勢一舉剿平了江南叛亂，八十萬叛軍望風披靡，南京、鳳陽兩都不戰而降，平叛軍各位將士居功甚偉，尤其是作爲全軍先鋒的營團軍，力劈堅城徐州，打開全軍南下的通道；其後又更是功勳卓著。可是，由於南直隸倡亂造叛的魏國公徐宏君、信國公湯正中和誠意伯劉計成三位首犯逃遁，未能收取全功，朝廷也不好給平叛軍各位有功之人加官進爵，如今將楊博升任侍郎，也算是略爲補償了。
皇上起意要設立總參謀部，高拱便料想會有此節，因而也不驚詫，躬身應道：“臣遵旨。”
朱厚熜又說：“兵部設立總參謀部之後，在各軍也可設置參謀部，甚或可在東海艦隊先行一步作爲試點，組建參謀部，以徐渭爲參謀長，輔佐元敬執掌、指揮東海艦隊，也就不必擾亂朝廷官制，如元敬奏疏中奏請的那樣，將他改授軍職了。肅卿，你意下如何？”
“微臣不知如東海艦隊參謀部是幾等衙門，參謀長是何品秩，懇請皇上予以明示。”
朱厚熜笑道：“朕就知道你高拱高肅卿還有此問。朕以爲，參謀長爲一軍主將掌管、調動及指揮所部不可或缺的重要助手，主將有事則由參謀長代掌全軍，戰時還有指揮全軍之責。以此而論，品秩也不宜過低，如東海艦隊這等三品衛指揮使司建制的軍隊，參謀長就應是五品。”
高拱頗爲躊躇了一番，才說：“誠如皇上所言，參謀長之職責任重大，徐渭雖通曉兵略，確有大才，但資歷太淺，尚不足以擔此大任，臣以爲可委其爲東海艦隊參謀，另擇資深望重之人出任參謀長，如此則較爲適宜。”